sábado, 14 de março de 2015

Pressão para publicar

O panorama da investigação cientifica atual é caracterizado pela pressão para publicar. O famoso "publish or perish". 

Eu penso que os aspectos negativos dessa filosofia se começam a notar. E não me refiro às fraudes (para publicar e sobreviver).

Por exemplo, um dos mais relevantes físicos da atualidade, o Prof, Peter Higgs, notou que, se fosse hoje não teria conseguido chegar à descoberta teórica do bosão com o seu nome. Segundo o que ele diz, podemos inferir que foi um trabalho lento e persistente, sem importantes descobertas intermédias (que lhe permitissem manter uma posição de investigador). Algumas coisas demoram o seu tempo. 

De facto, neste contexto, será de esperar que descobertas extraordinárias, sobretudo as que sejam disruptivas com o conhecimento anterior, sejam implacavelmente prevenidas. Porque é provável que exijam muito tempo de investigação sem dar resultados notáveis. Vou tentar explicar melhor.

De acordo com o filósofo da ciência Thomas Khun, a evolução científica processa-se de duas maneiras. De forma normal ou de forma revolucionária. 

A ciência normal é aquela que é construída incrementalmente sobre o conhecimento anterior. Passo a passo, sem mudar as regras.

A revolucionária é a que dá origem a novos paradigmas. Os paradigmas são, na pratica, novas plataformas conceptuais para se produzir ciência normal. São caracterizados por descobertas que lançam uma nova luz sobre a realidade e que podem não fazer grande sentido dentro do enquadramento teórico anterior. Ou seja, podem ser de valor questionável até se perceber se chegam a algum lado. Ou podem mesmo ser inconsistentes dentro dos paradigmas vigentes e por isso dificilmente compreensíveis  para o resto da comunidade (se forem totalmente incompreensíveis, como Khun propunha, não creio que pudessem chegar a ser formados, e aqui discordo ligeiramente de Khun - de facto algumas descobertas revolucionárias foram em pouco tempo adotadas e elogiadas, desde a teoria da evolução à da relatividade).

Então, é de prever que se houver pressão para publicar, os esforços dos cientistas sejam sobretudo de ciência normal, ou seja, incremental, sem arriscar caminhos potencialmente revolucionários mas que podem não levar a lado nenhum. É mais seguro explorar caminhos que dêem resultados imediatos e convincentes. De facto, afirmações extraordinárias requerem justificações extraordinárias, e isso é o trabalho de quem quer revolucionar a ciência.

Assim, dado a pressão para publicar, este domínio previsto da ciência normal é o que se verifica na prática. Apesar de haver uma quantidade de publicações crescentes e de o conhecimento duplicar a cada 9 anos, os artigos que formam a base do nosso conhecimento cientifico e são mais citados, estão cada vez mais velhos. Os artigos recentes são sobretudo citados durante um curto periodo de tempo após a sua publicação e vão perdendo pertinência rapidamente. Os nossos paradigmas em uso estão a envelhecer. Não há revoluções. 

Isso quer dizer que não há novos paradigmas para descobrir? Talvez, mas parece-me pouco provável. Parece-me que a explicação mais plausível, dado que há muita coisa que sabemos que não conseguimos explicar, é a de que não se descobrem novos paradigmas porque não os estamos a procurar como devíamos.

Isto quer dizer que a ciência nega as ideias loucas da pseudociência porque não está a funcionar de um modo que permita revoluções? Também não me parece, já que infelizmente a popularidade de muitas alegações pseudocientíficas levou a que se gastassem preciosos recursos a ver se havia ali alguma coisa de interessante. E uma coisa que não se pode dizer das revoluções científicas é que elas não provêm de investigação rigorosa. O método é fundamentalmente o mesmo. A intensidade do trabalho e a demora a chegar a resultados é que varia. Não é o mesmo que dizer algo do género: "não sabemos logo é verdade que... (colocar aqui pseudociência preferida)" como se propõe por aí.

Isto quer dizer que devia haver menor pressão para publicar? Provavelmente. Pelo menos na macro escala do empreendimento cientifico.. Assim vamos continuar a usar paradigmas centenários. 


Notar no entanto que de ponto de vista tecnológico isto tem sido muito eficaz, quero dizer, custo-eficiente ( o que não é de todo negligenciável). As nossas vidas têm melhorado muito com a aplicação incremental do conhecimento e provavelmente procurar novas teorias não é uma tarefa lucrativa. Resta dizer que se a tecnologia é a ciência orientada para produtos então que guardarão ainda os próximos paradigmas para nos trazer?

quarta-feira, 15 de outubro de 2014

Ébola: Não é nenhum embuste, é sério: Contágio indirecto, taxa de crescimento de novos casos, patologia.

Um estudo com o virus Ebola do Zaire mostrou que o virus pode ser recuperado de superficies secas, a 4ºC, durante vários dias [1]. Em liquidos idem. Uma das amostras secas ainda tinha virus ao fim de 50 dias [1]. O mesmo estudo mostrou que o virus pode ser transportado em particulas suspensas no ar, isto é, pode ser transmitido por aerossois [1]. 

Não é o unico estudo que aponta para a possibilidade não remota de transmissão indirecta. Outro estudo [2] corrobora a resistencia do virus, desta vez testada no escuro (com luz ultravioleta a resistencia é diferente [3]) e a temperatura ambiente. Neste outro estudo o virus  "aguentou" cerca de 6 dias em superficies secas de vários materiais [2].

Em relação ao facto do virus poder ser transmitido por aerossois também há mais estudos. Por exemplo foi mostrado que porcos transmitem o virus a primatas "via aerea" [4]

Tudo isto parece explicar o problema do contágio aos trabalhadores de saúde. Agora sabemos que não acontece apenas em Africa em condições supostamente propícias. Acontece pelos outros paises especiais do primeiro mundo também. Os relatos dos trabalhadores de saúde infectados, são consistentes na dificuldade que refletem em indicar como se deu a infecção. Isto só por si devia levantar algumas bandeiras vermelhas.

Embora o contágio directo seja provavelmente o modo mais comum de transmissão do Ebola, há razões para acreditar que a transmissão indirecta do virus acontece com alguma frequência.

Isto torna as medidas de protecção um bocado mais complicadas. O virus é destruido pela lexivia (10 minutos) e talvez por aí passe a solução  - factos impermeaveis completos com mascara lavados na totalidade antes de serem despidos. Mas é um berbicacho.

Por estas e por outras não compreendo artigos como o que aparece no Público dizendo que o problema do Ebola "é um embuste". O autor é um médico.

Sem querer alarmar demais, longe disso, não é embuste nenhum, as mortes e a taxa de infecção são bem reais -  não posso estar mais em desacordo com o autor. Existem razões para se levar esta ameaça a sério e divulgar a melhor informaçao que existe para o bem de todos.

Outra coisa preocupante que o artigo diz é que basta fazer transfusões e rehidratar e está tudo bem. E as vasculites? E a necrose hepatica? E a imunodepressão? E quando a hemorragia é nos pulmões? Também se tratam com transfusões e fluidoterapia apenas ou a taxa de mortalidade é alta? Claro que é. Mesmo com soro hiperimune não temos grandes garantias.E de onde se vao buscar tanto soro para os milhares de infectados, reais e potenciais?

Este tipo de menosprezo do problema não me parece sequer uma maneira capaz de desinquietar a população. Não com informação tão enviezada quando se pode ver que as coisas não são bem assim.

Por fim nota que são poucos os casos num determinado espaço de tempo. Mas como noutros problemas, o sinal de alerta não é dado pelo numero absoluto de casos num determinado espaço de tempo, mas sim pelo crescimento destes. E aqui temos razões de sobra para levarmos a coisa a sério: o numero de infectados duplica a cada 3 ou 4 semanas [5]. É exponencial.

Na realidade temos é razões para pensar e agir -  chamar a isto embuste não ajuda nada. O "embuste", a este ritmo,  vai chegar aos 20 000 casos em Novembroquando terá um ritmo de 5000 a 10000 novos casos por semana.




[1] T.J. Piercy,  S.J. Smither,  J.A. Steward,  L. Eastaugh and M.S. Lever "The survival of filoviruses in liquids, on solid substrates and in a dynamic aerosol " : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-2672.2010.04778.x/full

[2]Jose-Luis Sagripanti1, Amanda M. Rom and Louis E. Holland,"Persistence in Darkness of alphaviruses" Ebola virus, Lassa Virus deposited on solid surfaces, http://link.springer.com/article/10.1007/s00705-010-0791-0/fulltext.html

[3] C. David Lytle and Jose-Luis Sagripanti "Predicted Inactivation of Viruses of Relevance to Biodefense by Solar Radiation", http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1280232/

[4] Hana M. Weingartl, Carissa Embury-Hyatt, Charles Nfon, Anders Leung, Greg Smith & Gary Kobinger " Transmission of Ebola virus from pigs to non-human primates", http://www.nature.com/srep/2012/121115/srep00811/full/srep00811.html


[5] WHO Ebola Response Team

Ebola Virus Disease in West Africa — The First 9 Months of the Epidemic and Forward Projections

http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1411100#ref11 

terça-feira, 10 de setembro de 2013

O processo. Pensar outra vez.

Conforme a curiosidade me levou a procurar conhecimento e respostas fui entrando devagar no próprio processo de adquirir conhecimento:

 Como sabemos o que sabemos? Como distinguir duas respostas uma da outra? O que é que faz uma boa justificação?

Transversal à ciência e à filosofia, mesmo na área onde estas se confundem, está o pensamento critico para trazer alguma luz ao próprio modo de pensar.

Inclui a lógica formal e informal, matemática e estatística, alguma linguística e conhecimento de princípios científicos. O pensamento critico é o acto consciente (e lento mas eficaz)  de usar estas ferramentas na avaliação de uma afirmação ou argumento.

Na minha opinião, é essencial para uma democracia funcional.

Aconselho a todos os que puderem, a participação neste curso online grátis, onde podem ter uma introdução à matéria:

"Think Again, How to reason and argue".

Já está a decorrer, mas não é tarde.

segunda-feira, 2 de setembro de 2013

Uma asneira não justifica outra asneira.

Frequentemente nas discussões sobre as medicinas alternativas, os seus proponentes recorrem para o ataque à pratica da medicina convencional. Não atacam os métodos de investigação, os resultados dos ensaios, a ciência básica, mas sim a alegada má pratica de quem a exerce, normalmente recorrendo a evidência anedótica.

Mas a questão é esta: Mesmo se os médicos que procuram a medicina baseada na ciência cometem erros, isso não diz nada acerca da validade das outras alegadas medicinas. Mais vale errar a fazer a coisa certa do que ser prefeito a fazer a coisa errada. É que errar não é apenas algo que vá acontecer aos médicos que praticam a medicina baseada na ciência. Infelizmente acontece a todos.

Devíamos pelo menos tentar fazer aquilo que sabemos que funciona. E que sabemos que funciona e não apenas acreditamos que funciona, estando a diferença na justificação que temos para a nossa crença.

E só porque errar acontece a todos, passar aceitar como bom qualquer medicina alternativa, é um disparate.

Tem de ter sustentação cientifica, alguma justificação que funciona. Se não tem, não são os erros dos outros que lhe dão essa justificação. Sobretudo quando a medicina baseada na ciência, com todas as suas falhas, dá tantos resultados, que não se conseguem de outro modo.

Claro que também é mais fácil apontar o erro quando os procedimentos são tão claros e objectivos, bem descritos, bem registados e tão expostos.



sábado, 31 de agosto de 2013

A vacina da raiva não tira o faro aos cães.

A ideia que tem levado alguns caçadores a andar a pressionar os veterinários para colocar o selo da raiva na caderneta sem vacinar é perigosa. E é treta.

Não há qualquer evidência de que a vacina da raiva tire o faro aos cães.

Talvez essa ideia venha de alguém, alguma vez, que leu que o vírus se replica nos lobos olfactivos em determinada fase da doença. Mas a questão é que as vacinas que se usam não têm vírus vivo - que assim  não causa a doença, não se replica.  Está inativado, morto, acabado. Só serve para provocar resposta imunitária  (porque essa resposta é iniciada por determinadas partes dos agentes infecciosos apenas).

É um mito, como tantos outros acerca das vacinas, cuja popularidade se deve ao "diz que disse" e que como outros pode ser perigoso. Existem reacções adversas às vacinas mas as graves são raras. E esta não é uma delas. E mesmo que fosse, nunca justificaria aldrabar as cadernetas de vacinas.

Por este andar, para tirar a pressão de cima dos veterinários e para garantir a saúde publica, ainda pode vir a ser preciso exigir ter teste de anticorpos,  feito no L.N.I.V., 1 mês após a vacina, para qualquer cão encontrado em ambiente de caça ou sugestivo de participar nessa actividade. Com as despesas todas do processo para o caçador.






quarta-feira, 28 de agosto de 2013

Porque precisamos de testes com ocultação, randomizados e com controle com placebo mesmo em animais.

Aqui há uns anos (!) pediram-me que escrevesse um "post" sobre placebo em animais. Recolhi bibliografia algumas vezes, iniciei uns rascunhos mas por uma razão qualquer - relacionada com as imensas ramificações que o assunto pode ter, das necessidades da bibliografia associada, o potencial de controvérsia, e a responsabilidade acrescida de ter alguma relação com a pratica clínica de animais de companhia - nunca fiquei satisfeito.

Mas mais vale tarde do que nunca (acho), e mais vale ir ao essencial desde que bem justificado, do que estar a tentar fazer uma abordagem completa acerca do assunto que depois não tenho tempo para acabar ou pode mesmo deixar menos claro o que é o essencial. Em linhas gerais, repito, acredito que o que vou expor é o que é pertinente na discussão actual.

A questão do efeito placebo é extremamente complexa, (dava um blogue por si só),  já que parecem haver vários efeitos placebo e não apenas um, e talvez alguns deles possam ser atribuídos a animais. Inclino-me para que em regra deva ser considerado fraco ou inexistente um efeito com esse nome nos animais mas o que isso não implica é que não sejam precisos controles com placebo em testes com animais. E essa ideia é o núcleo deste post, mais que elaborar sobre o efeito placebo.

Resumindo, o efeito placebo, em pessoas, é sobretudo um efeito da percepção e não um efeito do tratamento. É um caso de percepção versus realidade. E é sobretudo criado pela crença nesse tratamento.

Isto em principio é complicado de demonstrar nos animais: eles não sabem nem suspeitam (provavelmente, mas não garantidademente) que estão a ser tratados. Se se demonstrar que existem situações onde os animais dão provas inequívocas de estarem à espera de um tratamento, isso é fácil considerar como sugestivo de haver um efeito placebo - o que poderia alterar depois a resposta à dor por exemplo. Mas não encontrei provas disso, para lá de suspeitas e evidência anedótica.

Além disso, outras coisas que sabemos que acontecem em animais, como o condicionamento (lembrar o cão de Pavlov), são consideradas usualmente como placebo. As respostas condicionadas podem ser variadas e interferir na avaliação de resultados. Lembrar que se queremos saber se um determinado procedimento ou tratamento funciona queremos eliminar tudo o que não seja efeito desse procedimento.

Existem alterações no comportamento por interacção com humanos (falar, fazer festas) e até respostas orgânicas a isso, como por exemplo no fluxo sanguíneo e batimento cardíaco. Isso foi mostrado em cães mas penso que se pode generalizar sem perigo para outros animais domésticos. E eventualmente pode aliviar ligeiramente os animais de sintomatologia mais subjectiva como a dor ou a náusea.

O tempo acrescentado que se passa com os animais em estudo, ou atenção extra num período de doença, só por si, pode ser importante e simular melhoras relativo ao período inicial.

Mas para lá destes aspectos, há problemas mais importantes, que só por si tornam estas questões quase secundárias para determinar porque precisamos controlar estudos médico-veterinários em animais com placebo. E essas têm a ver com quem avalia as melhoras, sejam médicos veterinário ou os donos. Quem vai medir e registar os resultados, finalmente, são as pessoas. E aí está um ponto critico bem conhecido, bem estudado, e com a maneira correcta de lidar bem descrita.

Como em todas as outras coisas, não podemos contar com uma percepção absolutamente fiel à realidade. A tendência para confirmação, de escolher os aspectos mais positivos e  de não ter termo de comparação eficaz sem um controle placebo  (onde tudo é repetido "tal qual" excepto o tratamento, para evitar atribuir ao tratamento um resultado que afinal era de outra coisa qualquer) são empecilhos nessa avaliação. Em toda a gente e sem falar em fraude (que também há mas vamos pressupor que não).

Por isso, quer com alfaces, minhocas, cães ou pessoas, tem de haver um controle com placebo, ocultação (isto é: nem dono ou paciente nem o investigador sabe quem está a fazer o placebo ou o tratamento), para além de ser preciso um grande numero de casos e dos grupos terem de ser randomizados (sorteados: garantir que não estamos a privilegiar o grupo do tratamento ao escolher os mais promissores ou vice versa).

Em conclusão, as razões pelas quais precisamos de controlar estudos em animais com placebo, começam por ser questões da natureza de "percepção vs realidade" nos donos e veterinários - e neste aspecto há uma semelhança com as razões que levam a que se tenham de se usar estes "truques" em estudos com humanos. Estudos que não sejam controlados com placebo, com ocultação e randomizados serão sempre estudos mais fracos mesmo se em grande numero. Todos os estudos precisam de replicação independente, e estes regra geral precisam de ser repetidos com as emendas referidas. Ou pelo menos, atribuir-lhes apenas o peso que têm como evidência, que é pouco, e não mais. Podem sugerir caminhos de investigação a percorrer, mas não são determinantes.

Este tema é  importante também, porque existe muita coisa (sobretudo nas medicinas alternativas) que é proposta para pessoas com o argumento de que funciona em animais. E depois se vai ver  e os estudos nos animais não têm controle com placebo nem ocultação, (já para não falar no numero de casos usados) com a justificação de que não há placebo em animais. Penso que o presente "post" informa bem os interessados dos problemas desta resposta.

Bibliografia recomendada:
http://www.sciencebasedmedicine.org/is-there-a-placebo-effect-for-animals/

terça-feira, 27 de agosto de 2013

A maioria dos estudos mostra haver uma correlação entre longevidade e religiosidade.

Ao contrário da correlação negativa entre inteligência e religiosidade, que atraiu a ira sobre quem a confirmou, a correlação entre longevidade e religiosidade não parece ter alguma vez causado grande incomodo nos meios de comunicação sociais. Ou em redes sociais. 

Aparentemente há um "bias" tremendo acerca do que pode ser um resultado cientifico face à imagem que dá à religião, e isso é mau sinal. Mas adiante.

Tal como o outro, estes estudos importam. Todos queremos viver bem e mais tempo (acho eu) e o melhor é tentar perceber o que há aqui. Os estudos são vários e sólidos na maioria dos casos. Não há grande razão para suspeitas, e censurar factos é um disparate.

A questão é se a religiosidade é ou não causa de maior longevidade. 

E a resposta parece ser sim. Mas só em determinados contextos. 

Na realidade, a maior parte dos estudos que chegam a esta conclusão são feitos nos E.U.A. Isso é normal, já que uma grande fatia da ciência é lá produzida, mas neste caso pode ser uma boa razão para que o resultado não possa ser generalizado para outras sociedades, mesmo ocidentais. 

Porque os E.U.A. são uma excepção no que toca à religiosidade e aceitação popular da ciência entre os países ocidentais de desenvolvimento sócio-económico semelhante. A maioria das pessoas são religiosas (excepto entre os cientistas de topo que são notoriamente ateus), os ateus são muito mal vistos na sociedade em geral  e o criacionismo (uma crença notoriamente anti-cientifica e ligada à religião)  é aceite por 40% da população. Isto são razões que levam a suspeitar que provavelmente haverá uma serie de factores que levam a vidas melhores e mais longas nos E.U.A. para quem for religioso mas que não se verificam obrigatoriamente  noutros países.

De facto, parece que o que leva a religiosidade a proporcionar vidas mais longas, não é nenhuma espécie de intervenção divina, mas sim a actividade social associada. E não há evidência de que a actividade social promovida pela religião seja especial para isso. A actividade social é importante para a longevidade só por si. Existem outras razões apontadas mas esta parece-me importante e capaz de clarificar as coisas. 

Porque pode ter outras formas, sobretudo em países menos religiosos. 

E podemos suspeitar pelos índices de longevidade e bem estar em países pouco religiosos como os do norte da Europa que isso deve acontecer. De facto, como esperado, estudos que envolvem esses países não mostram esta correlação como nos E.U.A. 

Adicionalmente e já que não é um efeito directo e intrínseco da religião, fora dos E.U.A., se os estudos feitos eliminarem factores sócio económicos (normalmente procuram-se isolar as variáveis em estudo), podem bem estar a tirar aos ateus e agnósticos todos os factores que lhes dão a eles maior longevidade (e os podem levar inclusivamente a ser menos religiosos) - estamos a propor que haja outro modo de ter um paralelo dos benefícios trazidos pela religião ou ir além deles.

Esta questão é provavelmente completamente diferente em países onde a longevidade e o bem estar são em média altos, e onde as pessoas não precisem tanto da religião por pressão ou desamparo social. Ou por terem um estado social e sistema de saúde mais eficaz.

Bibliografia e notas:





"The studies on organic religion overwhelmingly indicate that greater involvement in religious practices is associated with reduced hypertension, longevity, reduced depression, lower levels of alcohol and drug consumption, less engagement in risky sexual behavior, reduced risk of suicide, reduced delinquency, and reduced criminal activity. In the next section, 669 studies are reviewed concerning the relationship between religion and well-being. Taken together, the findings indicate that higher levels of religious involvement provide protective factors that generally reduce deleterious social outcomes. Greater involvement in religious practices conveys the sense of well-being, purpose, meaning, and educational attainment.":
https://www.ncjrs.gov/App/abstractdb/AbstractDBDetails.aspx?id=202135 



Mecanismos do efeito do casamento semelhante ao da religiosidade:http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1728-4457.2003.00255.x/abstract

É explicado por um efeito da personalidade, hábitos, etc.:

http://psycnet.apa.org/journals/psp/97/5/866/

Prevê a longevidade de idosos pobres:
http://aje.oxfordjournals.org/content/119/3/410.short

Redes sociais são importantes para ambos mas a participação em organisações formais (como a religião) só tem valor preditivo para os americanos, comparando com os Suecos para quem o contacto com crianças era o factor relevante.
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167494398001356

Os efeitos são apenas resultado da participação em actividades sociais, sem que a religião seja uma actividade social melhor para o efeito:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/jssr.12006/full

Aumento da longevidade diminui a participação religiosa:
http://www.emeraldinsight.com/journals.htm?articleid=1917339

Correlação de governos seculares e saúde, ou seja, países mais religiosos têm sociedades com mais problemas de saúde. A grande excepção são os EUA:
http://moses.creighton.edu/jrs/2005/2005-11.pdf

Correlação entre longevidade, bem estar e ateísmo, por países: http://epiphenom.fieldofscience.com/2009/11/live-long-and-be-atheist.html

Correlação entre felicidade e religiosidade apenas nos estados unidos. Na Hollanda e na Dinamarca não era significativa:
http://cms.springerprofessional.de/journals/JOU=10902/VOL=2008.9/ISU=2/ART=9045/BodyRef/PDF/10902_2007_Article_9045.pdf